馬來西亞主管對外貿易的政府部門是國際貿易和工業部，主要職責是：負責制定投資、工業發展及外貿等有關政策；擬定工業發展戰略；促進多雙邊貿易合作；規劃和協調中小企業發展；促進和提升私人企業界與土著的管理和經營能力。

馬來西亞主要對外貿易法律有《海關法》、《海關進口管制條例》、《海關出口管制條例》、《海關估價規定》、《植物檢疫法》、《保護植物新品種法》、《反補貼和反傾銷法》、《反補貼和反傾銷實施條例》、《2006年保障措施法》、《外匯管理法令》等。

馬來西亞實行自由開放的對外貿易政策，部分商品的進出口會受到許可證或其他限制。

（一）進口管理

1998年，馬來西亞海關禁止進口令規定了四類不同級別的限制進口。

第一類是14種禁止進口品，包括含有冰片、附子成分的中成藥，45種植物藥以及13種動物及礦物質藥。

第二類是需要許可證的進口產品，主要涉及衛生、檢驗檢疫、安全、環境保護等領域。包括禽類和牛肉（還必須符合清真認證）、蛋、大米、糖、水泥熟料、煙花、錄音錄像帶、爆炸物、木材、安全頭盔、鉆石、碾米機、彩色復印機、一些電信設備、武器、軍火以及糖精。

第三類是臨時進口限制品，包括牛奶、咖啡、谷類粉、部分電線電纜以及部分鋼鐵產品。

第四類是符合一定特別條件后方可進口的產品，包括動物、動物產品、植物及植物產品、香煙、土壤、動物肥料、防彈背心、電子設備、安全帶及仿制武器。

為了保護敏感產業或戰略產業，馬來西亞對部分商品實施非自動進口許可管理，主要涉及建筑設備、農業、礦業和機動車輛部門。如所有重型建筑設備進口須經國際貿易和工業部批準，且只有在馬來西亞當地企業無法生產的情況下方可進口。

馬來西亞國際貿易及工業部及其他部門負責進口許可證的發放及日常管理工作。

（二）出口管理

馬來西亞規定，除以色列外，大部分商品可以自由出口至任何國家。但是，部分商品需獲得政府部門的出口許可，其中包括：短缺物品、敏感或戰略性或危險性產品，以及受國家公約控制或禁止進出口的野生保護物種。

此外，馬來西亞《1988年海關令（禁止出口）》規定了對三類商品的出口管理措施：

第一類為絕對禁止出口，包括禁止出口海龜蛋和藤條；禁止向海地出口石油、石油產品和武器及相關產品；

第二類為需要出口許可證方可出口；

第三類為需要視情況出口。大多數第二和第三類商品為初級產品，如牲畜及其產品、谷類、礦物/有害廢棄物；第三類還包括武器、軍火及古董等。

國際貿易與工業部及國內貿易與消費者事務部負責大部分商品出口許可證的管理。

馬來西亞檢驗檢疫局建立于2011年，隸屬于農業和農產品產業部，作為其下屬的一個司負責所有入境口岸（包括海港、機場、陸地口岸以及郵件和快遞收發中心）、檢疫站、建議設施的檢驗檢疫工作以及頒發有關植物、動物、冷凍肉制品、魚類、農產品、土壤和微生物等產品的進出口許可證。

為防止動物傳染病、寄生蟲病和植物危險性病、蟲、雜草以及其他有害生物傳入，馬來西亞政府對進口動植物實施檢驗檢疫。如攜帶動植物入境，需事先向馬來西亞相關主管部門申請進口許可證并在入境時遵守各項檢驗檢疫程序。

馬來西亞要求所有肉類、加工肉制品、禽肉、蛋和蛋制品必須來自經農業部獸醫服務局檢驗和批準的工廠，所有進口產品必須獲得獸醫服務局頒發的進口許可證。

所有向穆斯林供應的肉類、加工肉制品、禽肉、蛋和蛋制品必須通過清真認證，牛、羊、家禽的屠宰場以及肉蛋加工設備必須獲得伊斯蘭發展署（JAKIM）的檢驗和批準。

（一）管理機構

馬來西亞皇家海關是管理商品的進出口、邊境控制以及貿易便利化的政府部門。

（二）管理制度

馬來西亞關稅有兩種歸類系統：一種用于東盟內部貿易，稅則號為6位數字；另一種用于與其他國家貿易。國際貿易及工業部下屬關稅特別顧問委員會負責對關稅進行評審，每年在政府預算中公布。

（三）關稅水平

馬來西亞關稅99.3%是從價稅，0.7%是從量稅、混合稅和選擇關稅。世界貿易組織公布數據顯示，2016年，馬來西亞最惠國關稅簡單平均關稅稅率約5.8%，農產品最惠國平均簡單關稅為8.4%，非農產品該稅率為5.4%。

（四）金融管制

無論是馬來西亞居民還是非居民，每次出入馬來西亞所攜帶不得超過10000美元；無論是馬來西亞居民還是非居民，每次出入馬來西亞所攜帶外幣或旅行支票數額不受限制，但如超過10000美元需向海關申報；非居民攜帶外幣或旅行支票出境，如數額在入境時申報的數額內，不受限制；如需攜帶超過數額限制的現金或旅行支票出境，需事先向馬來西亞國家銀行取得書面許可。

（五）海關艙單

近期，馬來西亞海關對關于海關艙單的規定做出了修改，自2018年10月1日起，規定要求所有從馬來西亞進出口及中轉的貨物，客戶必須提供樣單中貨物描述部分正確的６位貨物HS編碼。缺失HS CODE 或信息有誤，將會影響貨物在馬來西亞清關放行，并可能造成海關罰款或其他責任后果。